In het ontwerp wordt optimaal gebruik gemaakt van de kracht van het monument. Dat begint al aan de Oude Delft. Daar wordt men nieuwsgierig gemaakt naar het museum. Als je straks over de Oude Delft loopt, zie je door de ramen de mooi aangelichte oude plafonds en vang je een eerste glimp op van het museum.

Aan de Prinsentuinkomt de nieuwe entree van het museum. De route door de tuin geeft straks een mooi zicht op de monumentale gevels van het voormalige klooster. Je komt binnen in het hart van het complex in een prachtige ruimte, die een goede eerste indruk geeft van dat wat komen gaat tijdens het bezoek aan het museum. Luiken worden geopend en de expositieschotten voor de ramen worden verwijderd. Daardoor wordt daglicht weer toegelaten in de museale ruimten en komt het monument beter tot zijn recht: licht naar binnen en zicht naar buiten. Sjoekie de Bijll Nachenius, projectarchitect: Niet alle kunst verdraagt daglicht. De plekken waar lichtinval gewenst is en waar mooi zicht naar buiten is, worden daarom zorgvuldig gekozen.

Het museum is straks veel beter toegankelijk, ook voor mensen met een fysieke beperking. Nu zijn er alleen al op de begane grond meer dan dertig verschillende niveaus. In de binnentuin is daarom een nieuwe trap en lift ontworpen, die de verdiepingen in het gebouw verbindt. Hellingbanen overbruggen de kleine niveauverschillen.

Links van de nieuwe entree in de Prinsentuin, wordt de twintigste-eeuwse verbindingsgang afgebroken en opnieuw opgebouwd, zoveel mogelijk met hergebruik van de oude materialen. Dit is nodig om de huidige niveauverschillen op te heffen en om een goede verbinding te maken. In het verlengde hiervan komt de toegang tot het museumcafé met terras aan de Prinsentuin.

Onderdeel van het plan is het verbeteren van het museale klimaat van de tentoonstellingsruimten. Het hoogwaardige museumklimaat maakt het mogelijk dat ook in de toekomst tentoonstellingen met bruiklenen van hoge kwaliteit kunnen worden ingericht.

Het monumentale complex wordt verduurzaamd: het wordt waar mogelijk geïsoleerd, er worden achterzetramen toegevoegd en er worden zoveel mogelijk duurzame materialen toegepast. Het gebouw wordt gasloos en voorzien van duurzame installaties, waaronder warmtepompen. Materialen die bij de verbouwing vrijkomen, worden zoveel mogelijk hergebruikt.