Vanwege de ontwikkeling van het nieuwe Museumkwartier in Utrecht moest de entree van het Rijksmuseum Catherijneconvent worden verplaatst van de Nieuwegracht naar de Lange Nieuwstraat. Bovendien lag er de wens om een openbare wandelroute dwars door het voormalige klooster te leggen. 

Deze route mocht de rondgang door het museum echter niet doorbreken, waardoor een ongelijkvloerse kruising onvermijdelijk bleek. Om tevens de oriëntatie in het museum te verbeteren zijn er uiteindelijk drie drastische ingrepen gedaan. In een tweede fase is het interieur van het museum gerenoveerd. De beveiligingsinstallatie, brandveiligheidsvoorzieningen en installaties zijn zorgvuldig geïntegreerd. De expositieruimten, kantoren en verkeersruimten in het convent en het grachtenpand zijn gemoderniseerd.