Hubert-Jan studeerde in 1969 cum laude af bij Aldo van Eyck aan de afdeling Bouwkunde van Technische Hogeschool Delft. Daarna studeerde hij een jaar stedenbouw aan de Otaniemi Universiteit in Finland. Hij werkte in Helsinki voor Reima Pietilä. Van 1971 tot 1974 werkte hij in Londen voor Castle Park Dean Hook architects, van 1974 tot 1976 was hij voor hetzelfde bureau directeur van de Housing Renewal Unit in Londen. In 1976 begon hij zijn eigen architectenbureau in Nederland.

Vanaf 1971 tot 2005 is hij onafgebroken bij architectuuronderwijs betrokken geweest. Eerst als tutor aan de Bartlett School of Environmental Studies in Londen, vervolgens als wetenschappelijk hoofd Renovatietechniek aan de T.H. Delft, vanaf 1984 tot 1998 als hoogleraar Bouwtechniek aan de Technische Universiteit Eindhoven en van 1998 tot 2005 als hoogleraar Architectuur aan de Technische Universiteit Delft. Hij heeft een grote reeks symposia, cursussen en colleges georganiseerd en voorgezeten. Hij was voorzitter van veel jury's voor prijsvragen en prijzen in Nederland en buitenland.

Hubert-Jan was voorzitter van verschillende studiecommissies van de Stichting Bouwresearch en lid van Rijkscommissie voor de Monumenten. Hij was voorzitter van de Stichting Rietveld Schröderhuis, het Rietveldarchief en van de Stichting Van Doesburghuis in Meudon. Van 1998 tot 2008 was hij supervisor architectuur en stedenbouw van de luchthaven Schiphol. Hij was supervisor van de spoorzone in Tilburg en supervisor voor het cultureel erfgoed van het Storkterrein in Hengelo. Hij is lid van het Commitee Scientifique voor de restauratie van het College Neerlandais van Dudok in Parijs.

In 2002 stelde hij met Hilde Heynen het boek 'Back from Utopia, the Challenge of the Modern Movement' samen. Hij is de oprichter en honorary president van DOCOMOMO, een internationale organisatie voor het DOcumenteren en COnserveren van gebouwen en stedenbouwkundige en landschappelijke ensembles van de MOdern MOvement (Moderne Beweging).

Het Van Beuningen De Vrieze paviljoen van Museum Boijmans van Beuningen werd genomineerd voor de Mies van der Rohe European Architecture Award. In 1999 ontving Hubert-Jan de Prins Bernhard Cultuurfondsprijs voor zijn hele oeuvre. Andere gewonnen prijzen zijn o.a. de Victor de Steursprijs en de Schreudersprijs voor ondergronds bouwen. Samen met Wessel de Jonge won hij in 2010 de World Monument Fund/Knoll Modernism Prize.

In 2003 werd hij benoemd tot Ridder in de Orde van de Nederlandse Leeuw, in 2004 ontving hij de BNA Kubus is sinds 2015  Honorary Fellow van The Royal Institute of Architects of Ireland.

Hubert-Jan publiceerde in mei 2013 zijn boek Waar Nieuw en Oud Raken, een pleidooi voor houdbare moderniteit in architectuur, uitgever Lecturis.